基礎から応用までのシステム工学部会を幅広くカバーできるよう、各分野から比較的多くの25～30名の運営委員によって、自律的な運営をおこなえる環境を整えています。とくにその横断的性格から、当学会の他の部会や支部との協力や連携、場合によっては他学協会との協賛や研究グループへの支援も考慮し、環境の変化に対応できるよう、また分野に偏ることがないよう、つねに柔軟かつ機動的な運営がなされるよう心がけています。役職として、主査・副査各１名、幹事2名を置き、任期2年としています。対象分野の広さから、副査は複数名でもよいとし、また運営委員を研究グループに分けて、自律分散的な活動を奨励しています。さらに、いわば準運営委員としての若手研究者や大学院生の積極的な参加活動も奨励し、また、次期委員候補として通年で委員の公募を行っておりますので、次期運営委員会参加を希望される方の応募をお待ちしています。